Na Fakultetu političkih znanosti studijski programi su organizirani na preddiplomskoj, diplomskoj, poslijediplomskoj specijalističkoj i doktorskoj razini. Na preddiplomskoj i diplomskoj razini studiji su organizirani u dva područja: politologija i novinarstvo, pri čemu studij novinarstva također obuhvaća i komunikološke sadržaje. Na preddiplomskoj razini na Fakultetu su organizirani preddiplomski studij politologije u trajanju od 8 semestara s nastavnim opterećenjem od 240 ECTS bodova te preddiplomski studij novinarstva u trajanju od 6 semestara s nastavnim opterećenjem od 180 ECTS bodova. Fakultet političkih znanosti je nositelj preddiplomskog studijskog programa Vojno vođenje i upravljanje koji se izvodi na Hrvatskom vojnom učilištu.
Na diplomskoj razini nastava se izvodi na diplomskom studiju politologije u trajanju od 2 semestra s nastavnim opterećenjem od 60 ECTS bodova, na diplomskom studiju novinarstva u trajanju od 4 semestra s nastavnim opterećenjem od 120 ECTS bodova, i diplomskom studiju Master of European Studies na engleskom jeziku s nastavnim opterećenjem od 60 ECTS bodova.
Preddiplomski i diplomski studiji politologije i novinarstva, svaki u svom području, strukturirani su na način da preddiplomski studij predstavlja temeljnu razinu, a diplomski studij naprednu razinu stjecanja kompetencija. Unutar ove strukture preddiplomski studij zamišljen je kao temeljni studij na politologiji s programom koji obuhvaća temeljno obrazovanje iz glavnih grana politologije, dok je diplomska razina zamišljena kao studij na kojem se stječe specijalizacija u jednom ili dva područja politologije. Kod studija novinarstva preddiplomski studij je zamišljen kao razina gdje se stječu osnovna znanja iz novinarstva, medija i komunikologije, dok se na diplomskoj razini stječu napredna znanja iz ovih područja.
Na razini doktorskih studija nastava se izvodi na integriranom doktorskom studiju Politologija s ukupnim nastavnim opterećenjem od 180 ECTS bodova, dok se na doktorskom studiju Komparativna politika trenutno odvija isključivo mentorski rad i obuhvatni ispiti.